Saison 2 (New Captain Scarlet)

Deux scientifiques sont transformés en répliquants mystérons avec le pouvoir de tuer d'un simple toucher. Scarlet et Bleu doivent les localiser avant qu'ils exécutent un plan mortel.

Un virus infecte les ordinateurs de Skybase, causant le suicide de ceux qui en sont les victimes. Scarlet et Destiny peuvent-ils le neutraliser avant d'en être eux-mêmes victimes ?

Les Angels sont incapables d'intercepter un vaisseau spatial mystéron qui se pose dans le Territoire du Nord, en Australie. Scarlet, Bleu, Ocre et Gris enquêtent mais se retrouvent vite prisonniers et impuissants.

Dans le Grand Nord de la Russie, le Capitaine Noir fait l'acquisition d'une mine magnétique. Scarlet le poursuit, mais ils se retrouvent tous deux piégés dans un Rhino sous la glace de l'Arctique.

Le concepteur d'une nouvelle bombe puissante est tué et transformé en répliquant mystéron ; Spectrum s'adresse alors à son frère jumeau, un criminel condamné, pour essayer de communiquer avec lui.

Les Mystérons tentent de saisir un nouveau vaisseau de guerre furtif. Scarlet, Blanc et Vert sont à bord, et se retrouvent maintenant piégés par ses systèmes automatisés.

Vulcan Industries a envoyé une équipe de maintenance sur Mars, et Scarlet et les agents de Spectrum démarrent une enquête lorsque le contact avec l'équipe est perdu.

Destiny, Harmony et Melody sont échouées sur une île déserte - mais leur situation idyllique tourne mal lorsque des pirates répliquants les poursuivent...

À la recherche d'un tank russe volé en Alaska, Scarlet et Bleu sont capturés et forcés de creuser pour trouver une météorite qui détient le pouvoir d'annihiler la vie sur Terre.

Scarlet découvre un complot fomenté par le Capitaine Noir pour voler un Bison avec lequel il peut attaquer à loisir toute base de Spectrum.

Les Mystérons utilisent une substance gazeuse pour créer une copie à l'identique de Scarlet, qui retourne alors à Cloudbase avec des intentions meurtrières...

Scarlet et Bleu poursuivent un policier de Phoenix que les Mystérons ont utilisé pour voler des spores mortelles, mais la piste se refroidit lorsqu'il est supplanté par le membre d'un gang de motards.

Noir prétend avoir échappé au contrôle des Mystérons, et insiste auprès de Scarlet pour qu'il le rejoigne lors d'une mission destinée à oblitérer la ville martienne des Mystérons et mettre fin à la guerre.