Saison 1 (Flying Witch)

Makoto va entrer au lycée. Elle déménage dans le nord du Japon, où elle va vivre chez de la famille. Kei, un cousin, et sa petite sœur, Chinatsu, l'accueillent. Chinatsu a rapidement des doutes sur la santé mentale de Makoto, lorsqu'elle l'entend parler à son chat… Ce qu'elle ignore, c'est que Makoto est une sorcière.

Un étrange personnage rend visite à Makoto. Chinatsu est effrayée par son apparence, pourtant Makoto n'a pas l'air de s'en méfier. Plus tard, Kei fait découvrir à sa cousine les pétasites, une plante sauvage qui se déguste panée.

Makoto veut se lancer dans l'entretien d'un potager, la connaissance des végétaux pouvant s’avérer utile pour une sorcière. Elle demande donc de l'aide au père de Kei et Chinatsu. C'est alors qu'un nouveau drôle de personnage qui vient rendre visite à Makoto.

Makoto, Chinatsu et Kei vont profiter du festival de cerisiers qui se déroule dans le parc du château. Après avoir fait le tour des attractions et des stands de nourriture, ils rencontrent une voyante à qui Makoto demande de lire son avenir.

Alors qu'elle arrose les plantes du jardin, Chinatsu surprend Chito qui part faire une promenade. Intriguée, elle décide de le suivre. Elle va ainsi découvrir les lieux favoris du familier de Makoto.

À force de côtoyer Makoto et Akane, Chinatsu se met en tête de devenir une sorcière, elle aussi. Akane est un peu réticente à la prendre comme disciple, mais accepte de lui faire découvrir certaines facettes du monde de la magie qu'elle n'a pas encore vues.

Kei emmène Makoto, Chinatsu et Nao cueillir des plantes sauvages comestibles dans la montagne. À leur retour, Akane leur propose d'aller se détendre dans un salon de thé proche de chez eux, qui a la particularité d'être tenu par une sorcière.

Toujours attablés au salon de thé, Kei, Makoto et Chinatsu font connaissance avec la sorcière qui le tient et rencontrent quelques habitués de l'établissement.

Inukai passe chez les Kuramoto pour se faire pardonner son attitude lors du festival des cerisiers. Elle se propose de lire l'avenir des trois jeunes à l'aide de pierres.

Les élèves de la classe de Makoto ont un cours de travaux ménagers. Elle se retrouve dans le même groupe que Kei et Nao, mais cette dernière leur avoue qu'elle est une véritable catastrophe pour la cuisine.

Dans un journal destiné aux sorcières, Akane apprend qu'une baleine volante va passer dans la région. Elle se précipite pour la voir avec Makoto et Chinatsu.

Makoto retrouve sa vieille cape de sorcière, qui est maintenant trop courte pour elle. Elle décide de s'en confectionner une nouvelle et se met en quête de tissu, avec l'aide de Chito.