Saison 2 (The Unit : Commando d'élite)

Tandis que Mack signe son changement d'affectation et se prépare à quitter la base militaire, l'Unité est en mission au Pakistan où elle doit empêcher un groupe terroriste projetant une attaque biologique.

Un ancien membre de l'Unité est retenu dans une prison bulgare, attendant que Jonas et ses troupes arrivent sur place pour l'en sortir et pour démanteler un important trafic d'armes. Au coeur de leurs résidences, les femmes font la connaissance d'un jeune homme désirant incorporer un jour la fameuse unité. Enfin, pour obtenir davantage de prestations dévolues à sa mère âgée, Molly engage un civil qualifié, créant un malaise avec les familles de militaires établies.

Un des membres de l'Unité est abattu en Amérique du Sud et une partie des effectifs part secourir le reste de l'équipe, pris en embuscade par un sniper dans un village des Andes contrôlé par les guérilleros. Pendant ce temps, les femmes de militaires font corps autour de la veuve, priée de quitter la résidence en laissant les filles de son mari aux soins des grands-parents...

L'Unité poursuit des trafiquants de drogue au Mexique et remonte la piste jusqu'à un terroriste préparant un gros coup touchant les Etats-Unis. Pendant ce temps, au quartier résidentiel des miliaires, Kim s'inquiète d'un mystérieux homme qui a approché sa fille à la sortie de l'école et lui a posé des questions sur le métier de son père, pourtant classé top secret...

L'Unité se trouve en Caroline du Nord pour évacuer un dictateur africain hospitalisé alors qu'un cyclone sévit dans la région. Coincés dans le bâtiment en raison des intempéries, le docteur Brown découvre des malades abandonnés, mais toutes les personnes présentes ne pourront être évacuées...

L'Unité est envoyée en mission en Italie puis en Afrique occidentale pour stopper un trafic de diamants nourrissant les guérillas locales. Sur place, Bob ne sait comment interpréter le vol d'une partie des pierres précieuses par son supérieur. A Fort Griffith, les femmes organisent une fête de soutien aux combattants en Irak. Et Tiffy participe à un débat sur la guerre avec un charmant pacifiste...

Durant leur temps libre, Jonas emmène Bob en mission secrète pour le compte personnel du sergent Cheals : enlever une adolescente enrôlée dans une secte en Arizona. Mais l'interception furtive et nocturne ne se déroule pas comme prévu. Pendant ce temps à Fort Griffith, Tiffy couvre à ses dépends le délit de la femme du colonel Ryan et figure comme suspect principal d'une enquête policière pouvant mettre en péril l'existence de l'Unité...

Après le crash de son hélicoptère dans les montagnes de Sibérie, Bob essaie de maintenir sa traductrice et lui-même en vie dans des conditions rudimentaires. Lors de cet accident, il se remémore les tests de sélection pour intégrer l'Unité, son premier parcours du combattant...

Victime d'une mascarade politico-médiatique, l'Armée convoque le colonel Ryan pour justifier les activités de l'Unité devant un comité de surveillance sénatoriale de Washington. Pendant ce temps, les soldats en paient les conséquences sur le terrain en Amérique du Sud, où Blane est démasqué par la junte militaire...

En mission dans les montagnes du Caucase, Blane est capturé par des patriotes Georgiens, profitant de l'occasion pour se servir de lui comme monnaie d'échange avec les Etats-Unis. Ces derniers refusant de négocier avec les terroristes, le colonel Ryan envoie l'Unité sur place sans attendre l'aval de Washington... Pendant ce temps, Tiffy risque six mois de prison pour avoir couvert la femme de Ryan...

Jonas et Molly reçoivent la famille Blane à l'occasion de la remise de la Silver Star au retraité George Blane pour ses services rendus durant la guerre de Corée. Après l'arrivée de son neveu du front irakien accompagné de son épouse, la célébration est interrompue par Jonas, essayant de raisonner le jeune soldat violentant impunément sa femme. Pendant ce temps, Mack guide par radio un ancien ranger embarqué à bord d'un avion dont le pilote est mort en plein vol

Le Président demande personnellement à Jonas d'encadrer la sénatrice du Kansas en mission humanitaire en Asie du Sud et d'en profiter pour rencontrer en toute discrétion le futur Prince de ce pays prêt à commettre un coup d'Etat contre les révolutionnaires. A Fort Griffith, Molly, Kim, Tiff et Mack organisent une surprise pour Crystal à la demande de son fiancé en mission à l'autre bout du monde...

La première mission de Bob est annulée quand Kim raconte à ses amis le rêve qu'elle a eu. Jonas doit faire équipe avec un capitaine afin de sauver un scientifique.

Une mission ratée est analysée pour le Major General afin de déterminer si il y a eu une erreur. Cela provoque un grand strss dans toute l'unité.

Jonas et sa compagnie sont en mission aux Nations Unies quand une crise apparaît. Molly et Tiffy cherche un soldat MIA.

Jonas et son équipe, en déplacement, font face à une menace d'envergure...

Quand l'unité doit faire face à un prisonnier de haute sécurité à Waziristan, ils prennent refuge dans une ancienne base de retrait mais des arrivées inattendues vont faire échouer la mission...

Alors qu'en Israël, l'équipe doit faire face à une menace d'attentat suicide, Charles voit le danger arriver au côté ds'un soldat. Tiffy se retrouve en pleine crise de conscience, elle ne sait pas quoi faire.

Bob et Hector partent en Nouvelle Guinée afin de sortir la boîte noire d'un avion de l'armée. Afin que cela se fasse, ils doivent d'abordse faire accepter de la tribue. Crystal parle à un journaliste ce qui met en danger l'équipe et la sécurité nationale.

L'unité doit faire face à une prise d'hotage dans une école. L'affaire précédente de Tiffy commence à affecter sa fille.

Alors que Bob est contreint de faire un choix difficile, Mack, convaincut que Tiffy a une liaison, prend une décision malheureuse au front.

Mack, Grey et Williams protecte un prince Thai et sa famile. Contre le jugement de Ryan, Jonas rejoint Bob afin d'arrêter un leader terroriste. Mais après un gigantesque saut en parachute, Jonas doit oublier sa mission et sauver la vie de Bob.

L'Unité fait face à sa plus grande menace quand ils font l'objet d'une enquête de la part du gouvernement. Chaque homme doit faire des choix ce qui destabilise toute l'unité.